O MySQL é um SGBD sem interface de gerenciamento, ou seja, você necessita de outro programa para modelar os dados (armazenados em bancos e dispostos em tabelas e colunas), daí a necessidade de baixar o Navicat (para servidores L2J), por exemplo. O Xampp já vem com um programa gerenciador (creio que seja o phpMyAdmin).
Então, basicamente, usando só o MySQL você precisa de um software extra de gerenciamento, o que não ocorre baixando o web server.
Acho que seja isso.
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[]s,
LolMaster
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