Pronto! Seu core/gameserver está compilado! Todos os jar files estarão dentro da pasta escolhida no passo 4.2.1, com exceção do Core e GameServer.
Caso teu server seja Interlude, o nome do arquivo será l2j-gameserver, caso seja Kamael ou superior, será l2j*-core
Este arquivo estará dentro da pasta target, que está dentro da pasta que tem o nome do seu projeto, ela está no Workspace que você escolheu na primeira inicialização do Eclipse.