Velho, não tem que ter nada na pasta .m2, ela só será a ativa depois que você fizer o checkout de algum projeto, aí as pastas e arquivos irão aparecer, mas não se deve usar os arquivos lá presentes e sim os que se encontram no workspace do Eclipse.
Resumindo: A pasta m2 só serve para o maven controlar suas dependências. Vocês não devem mexer no conteúdo dela, mesmo que não exista.
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